محدوده اکتشافی نگین از نظر زمین¬شناسی در زون رسوبی-ساختاری ایران مرکزی و در خاوریترین بلوک مربوط به خرد قاره ایران مرکزی، موسوم به بلوک یزد واقع گردیده¬است. واحد¬های زمین¬شناسی برونزد یافته در محدوده شامل واحدهای کرتاسه پایین (انتهای نئوکومین) تا پالئوسن اشاره نمود که این توالی چینه¬شناسی در برخی موارد به صورت محلی و گاها بصورت کلی دارای ناپیوستگی¬های رسوبی و یا ساختاری می¬باشند. همچنین محدوده نگین در ارتباط با برخی از ساختار-های تکتونیکی مهم ایران از جمله گسل درونه و گسل بیابانک می¬باشد که این منطقه را تحت¬تاثیر قرار داده¬اند. بطور کلی حداقل دو نسل از چین¬خوردگی¬ها و گسل¬ها، با دو جهت¬گیری مختلف را می¬توان در محدوده شناسایی نمود. نسل اول چین¬خوردگی¬ها و گسل¬ها با راستای تقریباً شمال¬باختری-جنوب¬خاوری بوده که نتیجه فشارش با روند شمال¬خاوری-جنوب باختری طی دوره کرتاسه بوده است و نسل دوم چین¬خوردگی¬ها و گسل¬ها با راستای شمال¬باختری-جنوب¬خاوری تا تقریباً خاوری-باختری می¬باشند که به نوعی بر روی ساختار¬های نسل اول تاثیر گذاشته و نوعی از تداخل چین¬خوردگی را بوجود آورده¬اند، نسل دوم ساختارها ناشی از فشارش با روند شمال¬باختری-جنوب¬خاوری اوایل پالئوژن مرتبط با کوهزایی لارامید است.
تیپ کانی¬سازی در محدوده نگین با توجه به جمیع جهات احتمالاً از نوع MVT است. کانی¬های اصلی در این تیپ کانسار اسفالریت، گالن، پیریت، مارکاسیت، دولومیت و کلسیت است. عمده¬ترین آلتراسیون در این تیپ کانساری دولومیتی شدن همراه با برشی شدن و انحلال کربنات¬های میزبان است. کنترل کننده اصلی کانی¬سازی گسل¬ها و شکستگی¬ها، برش-های تخریبی و مناطق گذر لیتولوژیکی است و سولفیدها اغلب بصورت جانشین در سنگ¬های کربناتی دیده میشوند. در نتیجه هوازدگی این کانسارها، کربنات¬ها و سیلیکات¬های روی ممکن است در زون هوازدگی و اکسیداسیون تشکیل شوند.